友人のツイッターを見て気になったのでちょっと調べてみました。
（googleではスラッシュ文字を検索できないのでちょっと苦戦）

1つ、こんな発言を発見しました。
http://xhtml.com/en/css/conversation-with-css-3-team/
（ページ内を"double slash"で検索してください）

「一部のbuggyなブラウザが // をskipしてくれないので使えない...」
というような記述があります。
(現状のJavaScriptのことを言ってるんですかね。それともテストしたんでしょうか)

もともとhtmlではURLを http:// で始める仕様になっていますが、
http: は単にプロトコル宣言になるので、
ほとんどのブラウザは、URLの中身である // 以降をURLと解釈できるようになっています。
（例えば、//google.com と記述しても大抵の場合URLとして解釈されます）

おそらくこの仕様が原因で、// をskipできないケースが発生してしまうのでしょう。
（まぁ、丁寧に作ればそんなこと起きるはずもありませんが）

そう考えると、JavaScriptにしてもCSSにしても、
.htmlファイルとしてHTML内部に記述できるスクリプトは、
本来は // で始まるコメントアウトは推奨されないのかもしれません。
（たとえ専用タグで分離するとしても仕様としてリスキーなので）

ただ、JavaScriptに関しては、JavaScriptを解釈できないブラウザのために
<!-- ～ --> でスクリプト部分をコメントアウトする場合に、言語仕様上、
頭の <!-- は解釈できるが末尾の --> は解釈できないという事情があり（なぜ？）、
その打開策として、行頭文字だけでその行をコメントアウトと解釈できる
// が必要だったのではないかと。（ちょっと強引か）

CSSは <!-- も --> も解釈できるのでこの点は問題なさそうです。

PHPの場合は、そもそもサーバサイドで先にPHPとしての解釈が行われるから
おそらく関係ないでしょう。

こんな記事もあるくらいなので（かんけーないかも知れないけど）、
http://blogs.itmedia.co.jp/yasusasaki/2009/10/web-0bec.html
Webのアドレスを // で始めるのは、wwwの設計としては
1つの大きなミスだったのかもしれないですね。